临床变异注释、筛选与探索软件套件
简化基因组变异解读流程
Alamut 软件套件面向临床研究人员，围绕基因组变异注释、变异筛选和变异探索任务，提供从 NGS 变异文件到临床解释的一体化软件解决方案。
Alamut 软件是一系列强大的临床基因检测软件套件，通过精简变异解读步骤与合理化基因组分析流程，为临床研究者在基因组变异注释、筛选和探索中遇到的难题提供一体化软件解决方案。
Alamut 软件由 Interactive Biosoftware 开发，其宗旨为帮助临床研究人员完成基因组变异注释、变异筛选和变异探索等复杂任务。2018 年，Interactive Biosoftware 被 SOPHiA GENETICS 收购。
毅硕科技（INSVAST）作为 Interactive Biosoftware 在中国区的授权机构，将始终本着真诚的态度和专业的精神服务本地区用户，将 Interactive Biosoftware 最新技术带给中国精准医疗领域。结合 Sentieon 软件和 HGMD 数据库，为地区用户提供全流程软件解决方案。
解决方案
在 NGS 分析过程中，前期 GATK/BWA、Sentieon 等基因组装和比对软件获取变异文件后，需要标记每个变异的临床影响，再结合表型探索并寻找致病变异，最终出具相关报告。
Alamut 软件提供的模块主要负责变异文件出来后的变异注释、筛选、探索和出具报告过程。Alamut 软件套件分为三个模块：Alamut BATCH、Alamut FOCUS、Alamut VISUAL Plus，完成从变异注释、变异筛选到变异探索的整个流程。
Alamut Visual Plus 变异解读
Alamut Visual Plus 是一款综合性基因浏览器，用于基因组变异探索，帮助临床分子诊断人员评估病理状态下人类基因的改变。该模块将不同来源的遗传变异和基因组信息整合到统一 GUI 界面中。
Alamut Visual Plus 将公认高质量的外部数据和算法整合到统一界面中，方便生物学家对基因组变异进行快速、准确的临床解释。其特点包括 BAM、VCF、Sanger 文件可视化和图形化剪接研究，在节省时间和提升效率的同时保证研究质量。
主要特点
Alamut Visual Plus 是一款可视化 GUI 基因浏览器，支持蛋白质编码、非蛋白质编码和伪基因等人类基因；集成 NCBI、EBI、UCSC 等公共数据库，支持 PubMed、Mastermind 快速文献查询；支持变异数据库创建、导入和导出，可快速构建私有突变知识库，并支持导入外部数据库。
可视化注释
支持核酸保守性 phastCons 和 phyloP 分数、参考转录本、dbSNP、gnomAD、DSP/EVS 变异、Netherlands GoNL 基因组、Japan Human Genetic Variation Database、ClinVar、SwissProt 致病变异、COSMIC 变异、功能型蛋白 Domain、同源性序列比对和外部数据库链接。
Alamut Focus 变异筛选
Alamut Focus 模块是一个交互式 NGS 变异筛选工具，主要服务于临床诊断和医学研究实验室的 NGS 变异筛选场景，从注释后的变异集合开始，根据用户自定义或预先设置的标准筛选候选变异。
Alamut Focus 可帮助用户在用户自定义或预先设置的筛选标准条件下，从一组与个体或家系无关的数千条变异注释信息中，快速获取感兴趣的遗传变异。
Alamut Focus 视频教程
主要特点
- 为用户提供简单易用的 GUI 交互式界面。
- 帮助用户针对复杂变异快速设计并创建筛选策略。
- 允许用户在变异筛选时使用预先设置或自定义准则，如 autosomal recessive、autosomal dominant、X-linked recessive、de novo。
- 完全兼容 Alamut Batch 变异注释模块和 Alamut Visual 变异探索模块。
筛选功能
基础筛选
- 等位基因频率
- 基因：symbol、location within a gene
- 基因型：homozygote、heterozygote、variant frequency
- 变异类型：substitution、deletion、insertion、duplications、delins
- 变异位置：upstream、downstream、exon、intron、5'UTR、3'UTR、splice site
- GO terms：biological process、cellular component、molecular function
- 编码影响：synonymous、missense、nonsense、in-frame、frameshift、start loss、stop loss
遗传模式筛选
支持预先设置或自定义准则：autosomal recessive、autosomal dominant、X-linked recessive、de novo。
变异数据库筛选
dbSNP、ExAC、ESP/EVS、ClinVar、SwissProt、COSMIC。
数据质量筛选
变异识别质量：Phred 质量分数、筛选状态；比对质量；覆盖深度。
错义突变注释与剪接预测
不断增加的错义预测工具：SIFT、Align GVGD、MAPP；变异邻近剪接影响：new splice site、activation of nearby cryptic site。
Alamut Batch 变异注释
Alamut Batch 模块丰富了原始 NGS 变异，并进行附加注释，包括对人类基因的影响、等位基因频率、错义突变和剪接位点预测。
Alamut Batch 模块作为高效的高通量人类变异注释引擎，为 NGS 变异检测提供了众多功能和数十个注释能力。
主要特点
- 支持人类基因，包括蛋白质编码、非蛋白质编码、伪基因。
- 对原始 NGS 变异进行数据富集，主要通过集成 Alamut 软件套件数据库和高效外部预测工具实现。
- 可轻易集成到任何相关分析 Pipeline 中，支持 Linux、Windows。
- 涉及文件格式均遵照行业标准格式，兼容性强，例如 tab-delimited、VCF 等。
- 可根据用户需求，将注释严格限制在用户指定区域。
- 将注释文件中引入的外部注释集中输出到结果文件中。
- 为 Windows 用户提供可视化前端界面。
- 提供客户端-服务端分离版本、独立版两种工作架构形式。
注释功能
基础注释
- 基因：symbol、HGNC id、OMIM id
- 外显子、内含子编码
- 蛋白：RefSeq id、Uniprot id、domains
- 转录本：RefSeq id、strand、length
- HFGVS 命名：gDNA-level、cDNA-level、protein-level
- 变异类型：substitution、deletion、insertion、duplication、delins
- 编码影响：synonymous、missense、nonsense、in-frame、frameshift、start loss、stop loss
- 变异位置：upstream、5'UTR、exon、intron、3'UTR、downstream
变异数据库注释
dbSNP、ExAC、ESP/EVS、ClinVar、SwissProt、COSMIC（此数据库为免费数据库）。
基因剪接预测
MaxEntScan、NNSPLICE、SpliceSiteFinder、GeneSplicer 预测；对最邻近原始剪接位点的影响；对变异邻近的剪接影响，例如新剪接位点、邻近隐藏剪接位点的激活；分支剪接位点预测。
错义突变注释与预测
phastCons 与 phyloP 核酸保守分数；编码细节预测；BLOSUM 分数、Grantham 距离与氨基酸物化特征；越来越多的错义突变预测工具：SIFT、Align GVGD、MAPP。