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行业应用

       Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈,通过算法的深度优化和企业级的软件工程,大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。

       Sentieon为来自于分子诊断,药物研发,临床医疗等多个领域的合作伙伴和科研机构提供软件解决方案,共同推动基因技术的发展,实现“成就精准数据,服务精准医疗“的愿景。

       毅硕科技(INSVAST)作为Sentieon Inc. 在中国区授权服务机构,我们将始终本着真诚的态度和专业的精神,坚持并维护Sentieon Inc. 愿景,为中国区客户提供优质的服务。

资料下载

      Sentieon为完整的纯软件二次分析解决方案,该方案涵盖了从基因比对到变异检测的全部流程,可同时用于胚系突变检测和体细胞突变检测。

      Sentieon软件忠于BWA、GATK、MuTect、MuTect2、STAR、Minimap2金标准的数学模型,在保证结果完全匹配GATK/BWA金标准的前提下,分析效率提升10倍以上。Sentieon为大群组项目提供一站式Joint Calling解决方案,最大可处理10万个WGS样本的Joint Calling,无需中间步骤。为了方便用户自定义BAM流程,Sentieon提供了Python API Engine。提供UMI模块,替代Fgbio/picard,在更高精度的条件下UMI分析速度提升20倍。提供替代STAR的加速模块,为单细胞测序RNA-seq提供加速计算。

Sentieon DNAseq应用流程
Sentieon DNAseq应用流程
Sentieon RNA Pipeline
Sentieon RNA Pipeline
Sentieon比GATK4要快5到20倍
Sentieon比GATK4要快5到20倍
Sentieon DNAseq结果与GATK结果保持一致
Sentieon DNAseq结果与GATK结果保持一致
Sentieon 单次Calling最大10万个WGS样本
Sentieon 单次Calling最大10万个WGS样本
Sentieon提供Python API接口
Sentieon提供Python API接口
解决方案 软件模块 软件兼容 行业认证 客户分布

      Sentieon软件的使用非常灵活。用户可以直接使用完整Pipeline流程,也可以根据需要单独调用相关模块去替换原流程中的模块。Sentieon模块的输入、输出文件严格按照生信行业规范进行操作,用户可轻松上手,大大降低学习难度和学习时间。

主要模块的应用流程

      Sentieon软件为从BWA、GATK、MuTect、MuTect2、Picard切换到Sentieon运行环境的用户,提供了完善的无缝的脚本和示例供用户使用,可参考本页面内的资料下载栏目,下载想要文档进行学习参考。同时为用户方便进行在线学习,我们提供了完善的帮助系统:

 

 

      在基因计算领域,因为GATK是针对x86指令集开发的,使用没有针对ARM专门优化的GATK将比在x86处理器上要缓慢很多,基因行业很难享受到ARM处理器的低成本优势。因此,我们对Sentieon软件的所有模块针对ARM指令集进行了全面的优化和评测,于2019年11月底推出Sentieon Genomics for ARM软件包,全面支持基于ARMv8架构的处理器,包括AWS Graviton、华为鲲鹏920、AMPERE Altra和阿里云的ARM方案。在保证结果和x86处理器一致的前提下,将已经降低了的基因计算的成本再次降低30%或以上。至此,Sentieon全面兼容从云、超算中心、本地服务器的X86和ARM架构计算。

 

 

 

 

 

Sentieon全面兼容X86 & ARM

      Sentieon 2015年正式推出软件产品以来,多次赢得国际生信大赛的第一名,获得从速度到精度的全方位认可。通过与行业的逐步融合,Sentieon的工具包一直在为生信一线的用户提供高效可靠的数据分析支撑。

 

 

 

Consistency Challenge 

(2016/4/25/-4/26)

-Top Overall Performance

-Highest Reproducibility

Truth Challenge 

(2016/4/26/-5/26)

-Highest INDEL Precision

-Highest SNP Recall

2016 ICGC-TCGA DREAM Mutation Calling Challenge Winner

 

 

2019 Bio-IT World Innovative Practices Awards

 

 

2019 Multi-Omics Mislabeling Challenge Winner

 

 

 

Sentieon软件已被近千家商业公司和科研机构使用,得到广泛认可。到2022年1月为止,Sentieon软件已经运行处理的数据量超过1430 PB,样本量达数百万,时长超过1亿4千万核时,并在包括NEJM、Cell、Nature等世界一级影响因子的刊物上被频繁引用。

 

相关链接

      Sentieon软件为NGS二级分析用户提供完整的全流程分析模块,用户可自由组合或者全部采用Sentieon功能进行变异检测分析:

      针对以上Sentieon提供给客户使用的各种模块,同时我们也针对不同样本类型搭建了行业标准分析流程

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